沖水時宜將馬桶蓋蓋上如廁之後，多數人沒有將馬桶蓋蓋上沖水的意識，大都是一衝了之。如果沖水時馬桶蓋是打開的，馬桶內的瞬間氣旋最高可以將病菌或微生物帶到6米高的空中，並懸浮在空氣中長達幾小時，最後落在物品或墻壁上。這樣就極易污染空氣及室內物品。現在大部分家庭中，如廁、洗漱、淋浴都在衛生間裏進行，牙刷、漱口杯、毛巾等也是與馬桶共處一室，自然就很容易受到細菌污染。因此，應養成沖水時蓋上馬桶蓋的習慣。在去年非典疫情期間，香港衛生署曾把“如廁後沖水要蓋上馬桶蓋”作為市民預防非典的舉措之一。
馬桶邊儘量不設廢紙簍大多數家庭都會在馬桶邊設一個廢紙簍，放置使用過的廁紙、衛生巾等，這樣極易滋生細菌，並隨空氣散播，存放的時間越長，滋生的細菌就越多。所以，馬桶邊儘量不設廢紙簍。如果一定要用，也要選帶蓋子的，以防細菌散播，並及時處理用過的廁紙。另外，還可以在需要時，備一個衛生袋並且做到隨時處理掉。
馬桶圈細菌多，需作重點清潔馬桶上易有痢疾桿菌產生，它多是通過人體尿液、糞便傳播，痢疾桿菌在陰暗潮濕的地方一般能存活10多天。另外，還有不少人喜歡在馬桶上套一個布墊圈，這種做法更容易吸附、滯留排泄污染物，使傳播疾病的可能性增大。在這種與人們皮膚的接觸最“親密”又是細菌容易藏匿的地方，清潔工作顯得更為重要。一般家庭應做到每隔一兩天用稀釋的家用消毒液擦拭，做到定期重點清潔馬桶圈。
馬桶刷要保持清潔乾燥馬桶刷是清潔馬桶的基本工具。如果不注意馬桶刷的清潔和乾燥，它也會成為污染源。每次刷完污垢，刷子上難免會沾上污物，建議先用清水沖洗一遍，待水瀝幹後，再噴灑消毒液，最後把馬桶刷挂在通透的地方，不要隨便放在角落裏，也不要放在不透風的容器裏。
先用有柄的吸子把馬桶內的水分排擠走，水分留得越少越好。然後，把高濃度漂白水倒在尼龍刷上伸進馬桶內壁及底部曲頸各處，均勻刷拭，最少漂浸半小時，然後用清水沖洗，這樣黃漬與臭味就會隨漂白水之殺菌消毒去漬的力量，清除凈盡。
注意，氯係漂白劑，不可以和任何酸性洗潔劑同時使用，以免產生氯氣，造成危險。馬桶外側的部分，可用水沖洗，再用幹布擦拭即可。
若用五金舖買來的鏹水清潔馬桶，會因為太強烈而侵蝕馬桶的瓷質，使污垢更易黏附，馬桶不久便會形成一片去不掉的啡色。其實可改用潔廁液清理，若效果不好，可用玻璃樽裝“安全漂白水”，雜貨店有售。用法是把安全漂白水倒在尼龍刷上，然後刷拭馬桶，幾分鐘後，再一面沖水一面刷拭。若污跡仍未去除，宜令漂白水在馬桶停長些時間才沖洗。
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